Пафос называют еще Новым Пафосом (Nea Paphos), чтобы не путать его со Старым (Polio Paphos), который был знаменит в античном мире как центр культа богини Афродиты. Но по возрасту Новый Пафос ненамного моложе Старого. Согласно легенде, Новый Пафос был основан царем Агапенором по окончании Троянской войны.
Однако археологи предполагают, что основал город вовсе не Агапенор, а Никокл, последний верховный жрец Старого Пафоса, около 320 г. до н. э. Поток паломников в святилище Афродиты был нескончаем, для чего и понадобился новый порт. При Птолемеях город стал административным центром всего Кипра, поскольку географически он ближе всего к Александрии, тогдашней столице Египта. Эту традицию не стали ломать и римские наместники, тоже правившие Кипром из Пафоса. В те времена город насчитывал около 30 тыс. жителей.
В после античную эпоху Пафос начал приходить в упадок. Тем не менее, еще во времена крестовых войн и при венецианском правлении его значение было достаточно велико, и католические епископы избрали Пафос своей резиденцией. Последний верховный пастырь Пафоса по имени Франческо Кон-тарини был убит турками-османами в 1570 г. при захвате Никосии.