В античные времена па месте Ларнаки стоял город Китиоы, основанный, по преданию, одним из внуков Ноя, легендарным Киттимом, упомянутым в Библии. Здесь археологи раскопали развалины поселений, где люди жили уже во II тысячелетии до и. э. В 107Г> г. до н.э. город был разрушен в результате землетрясения. Лишь в VIII в. до н.э. его вновь отстроили финикийцы, основавшие здесь торговую факторию. Самым знаменитым уроженцем Китиона считается Зенон (около 336-264 до н.э.), древнегреческий философ, основатель школы стоиков в Афинах. Согласно его ученик), человек должен руководствоваться в своих поступках разумом, а не эмоциями и настроением.
В период владычества франков Ларнаку называли Салиной, поскольку здесь добывалась соль методом осаждения в бассейнах, а генуэзцам поселение из немногих хижин было известно как Скала. Нынешнее название города происходит от греческого слова larnax («саркофаг»). Такое имя дали ему венецианцы: эти люди Ренессанса с широким кругозором были первыми, кого занимала история Кипра. В оттоманский период в Ларнаке была самая большая кипрская колония иностранных торговцев.